טיפול במים ומי שפכים של מפעלים הינו נושא הנתון תחת תקנות מקומיות כמו גם ממשלתיות / פדרליות / ארציות בישראל ובעולם.
בישראל, יותר ממחצית מהמים המשמשים לחקלאות מקורם במים שעברו טיפול, התוכניות לעתיד מדברות על הגדלת מספר זה כמו גם הגברת השימוש במים מותפלים.